La collezione dei Mosaici è composta da esemplari unici al mondo provenienti dalle ville di Pompei, Ercolano e altri siti della Campania. La maggior parte dei mosaici erano utilizzati come decorazione dei pavimenti, spesso con scene figurate complesse e di grandi dimensioni, come nel caso del ‘Memento mori’ o il bacino con colombe, detti emblémata, medaglioni inseriti al centro dei pavimenti.
Un nucleo importante è dedicato ai mosaici e agli arredi della Casa del Fauno di Pompei, a cominciare dalla statuetta bronzea del fauno danzante che ha dato il nome alla casa. Dimora tra le più ampie e lussuose di Pompei, la Casa del Fauno ha restituito un prezioso ciclo di mosaici figurati, il più importante dei quali è il celebre mosaico con il trionfo di Alessandro il Grande su Dario III di Persia, eseguito alla fine del II secolo a.C. nella tecnica dell’opus vermiculatum con più di un milione di tessere.
Completano la collezione esempi dell’arte musiva in materiali diversi, come le tarsie marmoree geometriche e figurate e le paste vitree nei colori più sgargianti, che riflettevano la luce del sole e i giochi d’acqua in ninfei e giardini.