La collezione Farnese fu iniziata nel 1534 da Alessandro Farnese, futuro papa Paolo III, proseguita poi dai nipoti Alessandro e Odoardo. Tra il 1734 e il 1759, il re di Napoli Carlo III di Borbone eredito la collezione dalla madre Elisabetta Farnese. Venne trasferita definitivamente a Napoli dal figlio Ferdinando IV. Tra questi, la celebre tazza in agata sardonica che era giunta in possesso di Margherita d’Austria, vedova di Alessandro dei Medici e Ottavio Farnese, e la raccolta di Fulvio Orsini, numismatico, bibliotecario e antiquario di fiducia dei Farnese, che era stato a sua volta un appassionato collezionista di gemme, busti, monete e libri antichi.
L’esposizione nel MANN è suddivisa in singole sezioni suddivise per temi, come quella dedicata ai filosofi o a momenti fondamentali, come lo scavo del 1545 alle terme di Caracalla, dove furono scoperte le statue del “Supplizio di Dirce”, conosciuto anche come “Il Toro Farnese” e la statua del ”Ercole”. Si passa ai ritratti imperiali e alle gemme, distinte in base ai temi e ai diversi nuclei collezionistici.