Il Iside di Pompei fu il primo edificio di culto scavato a Pompei nel 1764 trovato in ottimo stato di conservazione e godette da subito di una straordinaria attenzione e fu oggetto di una documentazione grafica: nelle sale sono esposti, insieme al plastico ricostruttivo, i disegni e le incisioni che documentarono le strutture e le decorazioni riscoperte.
Al porticato del tempio, con i suoi frammenti decorativi, sono dedicate due sale: i diversi elementi della decorazione dipinta sono collocati sulle pareti del museo nelle posizioni originarie. Sono inoltre esposte: l’iscrizione marmorea che ricorda la ricostruzione del tempio dovuta al terremoto del 62 d.C., oggetti del culto, elementi d’arredo e sculture rinvenuti nell’edificio. Nell’ultima sala sono esposte le pitture del sacrarium che illustrano i fondamenti della religione isiaca.